Theo kết luận, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn tiếp tục duy trì 3 cục, gồm: Cục Kinh tế hợp tác và Phát triển nông thôn; Cục Quản lý đê điều và Phòng, chống thiên tai; Cục Chất lượng, Chế biến và Phát triển thị trường.

Duy trì 6 đơn vị tham mưu tổng hợp gồm: Vụ Hợp tác quốc tế; Vụ Pháp chế; Vụ Tổ chức cán bộ; Vụ Khoa học, Công nghệ và Môi trường; Văn phòng; Thanh tra và sẽ hợp nhất với các đơn vị tương ứng của Bộ TN-MT.

Bộ NN&PTNT hợp nhất Vụ Kế hoạch và Vụ Tài chính để tiếp tục hợp nhất với Vụ Kế hoạch - Tài chính (Bộ TN-MT).

Đối với đơn vị sự nghiệp công lập, Bộ NN&PTNT duy trì 5 đơn vị: Viện Chiến lược và Chính sách nông nghiệp nông thôn; Trường Cán bộ quản lý nông nghiệp và phát triển nông thôn; Báo Nông nghiệp Việt Nam; Tạp chí Nông nghiệp và Phát triển nông thôn; Trung tâm Chuyển đổi số và thống kê nông nghiệp. Các đơn vị này sẽ hợp nhất với các đơn vị có chức năng tương ứng của Bộ TN-MT.

Cũng theo kết luận, Thứ trưởng Bộ NN&PTNT Nguyễn Hoàng Hiệp được phân công phối hợp cùng Thứ trưởng Bộ TN-MT Lê Minh Ngân chỉ đạo: Cục Thủy lợi, Cục Quản lý tài nguyên nước (Bộ TN-MT) xác định, phân định nội dung giao thoa về an ninh nguồn nước, nước sạch nông thôn;

Thứ trưởng Nguyễn Hoàng Hiệp phối hợp cùng Thứ trưởng Nguyễn Thị Phương Hoa (Bộ TN-MT) hoàn thiện đề án thành lập đảng bộ mới của 2 Bộ sau khi hợp nhất để trình Ban Chỉ đạo Trung ương.

Thứ trưởng Phùng Đức Tiến phối hợp cùng Thứ trưởng Lê Công Thành (Bộ TN-MT) chỉ đạo: Cục Thủy sản, Cục Kiểm ngư, Cục Bảo tồn thiên nhiên và đa dạng sinh học (Bộ TN-MT) để xác định, phân định nội dung giao thoa về quản lý đa dạng sinh học trong hệ sinh thái thủy sinh; quản lý khu bảo tồn biển

Thứ trưởng Nguyễn Quốc Trị phối hợp cùng Thứ trưởng Lê Công Thành (Bộ TN-MT) chỉ đạo Cục Lâm nghiệp, Cục Kiểm lâm, Cục Bảo tồn thiên nhiên và đa dạng sinh học (Bộ TN-MT) để xác định, phân định nội dung giao thoa về bảo tồn thiên nhiên và đa dạng sinh học trong các hệ sinh thái rừng, quản lý rừng đặc dụng; quản lý, bảo vệ các loài thực vật rừng, động vật rừng nguy cấp, quý, hiếm...