Theo đó, mục tiêu tổng quát của Đề án là phát triển công nghiệp sinh học trong lĩnh vực bảo vệ môi trường theo hướng bền vững, thân thiện, nhằm kiểm soát, cải thiện chất lượng môi trường và sử dụng hiệu quả các nguồn tài nguyên thiên nhiên; nâng cao tiềm lực nghiên cứu, ứng dụng và làm chủ các công nghệ sinh học trong lĩnh vực bảo vệ môi trường của khu vực và thế giới.

Đề án đưa ra các mục tiêu cụ thể như triển khai các nghiên cứu, phát triển công nghệ sinh học trong lĩnh vực bảo vệ môi trường theo hướng làm chủ các công nghệ lõi, công nghệ sinh học tiên tiến sản xuất các chế phẩm xử lý chất thải trong sản xuất, chế biến nông, lâm, thuỷ sản, sản phẩm xử lý chất thải y tế; sản phẩm xử lý chất thải trong công nghiệp, y tế và sinh hoạt;

Đẩy mạnh xây dựng và phát triển tăng tối thiểu 10% doanh nghiệp sản xuất quy mô công nghiệp các chế phẩm sinh học sử dụng trong xử lý chất thải và dây chuyền thiết bị sản xuất các sản phẩm sinh học trong lĩnh vực bảo vệ môi trường;

Đầu tư phát triển nguồn nhân lực và cơ sở vật chất phòng thí nghiệm trọng điểm đáp ứng nhu cầu phát triển công nghiệp sinh học trong lĩnh vực bảo vệ môi trường tập trung vào phát triển các chế phẩm sinh học trong xử lý chất thải;

Hoàn thiện được hệ thống văn bản pháp luật và cơ sở dữ liệu quốc gia về phát triển công nghệ, công nghiệp sinh học trong lĩnh vực bảo vệ môi trường.

5 nhiệm vụ trọng tâm

Một là, phát triển khoa học và công nghệ phục vụ công nghiệp sinh học trong lĩnh vực bảo vệ môi trường.

Hai là, tăng cường tiềm lực phục vụ phát triển công nghệ sinh học và thúc đẩy công nghiệp sinh học trong lĩnh vực bảo vệ môi trường.

Ba là, xây dựng, hoàn thiện hệ thống văn bản quy phạm pháp luật, cơ chế, chính sách thúc đẩy phát triển công nghiệp sinh học trong lĩnh vực bảo vệ môi trường.

Bốn là hợp tác quốc tế trong lĩnh vực công nghệ sinh học trong lĩnh vực bảo vệ môi trường.

Năm là truyền thông nâng cao nhận thức về công nghiệp sinh học trong lĩnh vực bảo vệ môi trường.

Đề án đưa ra các mục tiêu cụ thể như triển khai các nghiên cứu, phát triển công nghệ sinh học trong lĩnh vực bảo vệ môi trường theo hướng làm chủ các công nghệ lõi, công nghệ sinh học tiên tiến sản xuất các chế phẩm xử lý chất thải trong sản xuất, chế biến nông, lâm, thuỷ sản, sản phẩm xử lý chất thải y tế; sản phẩm xử lý chất thải trong công nghiệp, y tế và sinh hoạt.

Đẩy mạnh xây dựng và phát triển tăng tối thiểu 10% doanh nghiệp sản xuất quy mô công nghiệp các chế phẩm sinh học sử dụng trong xử lý chất thải và dây chuyền thiết bị sản xuất các sản phẩm sinh học trong lĩnh vực bảo vệ môi trường.

Đầu tư phát triển nguồn nhân lực và cơ sở vật chất phòng thí nghiệm trọng điểm đáp ứng nhu cầu phát triển công nghiệp sinh học trong lĩnh vực bảo vệ môi trường, tập trung vào phát triển các chế phẩm sinh học trong xử lý chất thải.

Hoàn thiện được hệ thống văn bản pháp luật và cơ sở dữ liệu quốc gia về phát triển công nghệ, công nghiệp sinh học trong lĩnh vực bảo vệ môi trường.

Ưu tiên công nghệ thu hồi năng lượng và tái chế chất thải

Trong nhiệm vụ phát triển khoa học và công nghệ, Đề án chú trọng nghiên cứu, ứng dụng công nghệ sinh học, thiết bị xử lý chất thải trong sản xuất, chế biến nông, lâm, thuỷ sản; sản phẩm xử lý chất thải y tế; sản phẩm xử lý chất thải trong công nghiệp và sinh hoạt ở quy mô công nghiệp, ưu tiên công nghệ thu hồi năng lượng, tuần hoàn tái chế chất thải. Tiếp nhận, giải mã công nghệ mới, dây chuyền thiết bị từ các nước có nền công nghiệp sinh học tiên tiến trên thế giới để phát triển các công nghệ sinh học trong lĩnh vực bảo vệ môi trường ở quy mô công nghiệp.

Bên cạnh đó, tập trung phát triển các doanh nghiệp ứng dụng công nghệ trong nước để sản xuất các chế phẩm sinh học có khả năng cạnh tranh trong xử lý môi trường, ưu tiên công nghệ tuần hoàn chất thải. Đồng thời thúc đẩy doanh nghiệp tiếp nhận, làm chủ và phổ biến công nghệ sinh học hiện đại từ các nước tiên tiến trên thế giới trong xử lý chất thải ở quy mô công nghiệp phù hợp với điều kiện thực tế tại Việt Nam.